По просьбе графа И.Г. Чернышева, очень его любившего, Пущин был назначен командиром Галерного порта. Чернышев возложил на него все хозяйство и, несмотря на множество дела, которым был завален Пущин, не только не увеличивал штата его канцелярии, а, напротив того, отобрал еще нескольких писарей, разместив их по командам на суда. Между тем, Чернышев осаждал Петра Ивановича приказами и запросами ежедневно по 20 и более раз. Пущин терялся, но все же умел справиться один, всегда удовлетворяя требования Чернышева. Исполнительность Пущина была необыкновенна, и в деятельности своей он доходил до самозабвения.
Во время путешествия Императрицы Екатерины II в 1765 г. из Петербурга в Шлиссельбург Пущин командовал торншхоутом "Ладога", а по возвращении Государыни в Петербург плавал на яхте "Андрей". В сентябре месяце 1765 года Пущин был привлечен к занятию архивными делами Адмиралтейств-Коллегии, находившимися в большом беспорядке. Менее чем в один год, под руководством его, архив был разобран и приведен в полный порядок. Оцененный Императрицею, как энергичный и развитой офицер, Пущин был переведен из корабельного флота в галерный и в 1766 году отправился в Тверь, где руководил постройками галер, а по окончании этих работ производил испытание сооруженных судов посредством пробного плавания по Волге от Твери до Казани. За успешную постройку судов на Волге, предназначавшихся для предполагавшегося путешествия Императрицы, Пущин был 2-го мая 1767 года произведен в капитаны 1-го ранга и назначен сопровождать Государыню во время ее путешествия в том же году от Твери до Симбирска в качестве командира 12-баночной галеры "Тверь". 2-го мая Государыня, в сопровождении Пущина, тронулась в путь; 5-го июня, в 7-м часу утра, Пущин высадил венценосную путешественницу в г. Симбирске, пройдя, таким образом, по Волге 1410 верст в 27 дней. Это путешествие заставило Императрицу Екатерину обратить внимание на дельного офицера. В 1768 году Пущин с командами возвратился из Ярославля в Петербург, а в следующем году был послан для надзора за описанием реки Шексны. Командированный в Тавров, он в мае месяце был послан с Икорецкой верфи к Азову, а в августе на его долю выпало главное наблюдение за промером устья рек, впадающих в Азовское море. В октябре Пущин отправился во флотилию, стоявшую при крепости св. Дмитрия Ростовского, где и находился до отъезда вице-адмирала
[Для просмотра данной ссылки нужно зарегистрироваться], после чего вступил в главное командование азовской флотилией. Во время этого командования Пущин заболел и просил о переводе в Петербург, где, в отсутствие графа И.Г. Чернышева, командовал галерным флотом.
Как опытный моряк, долго плававший по Балтийскому морю, Пущин получил командование над пятью галерами, предназначенными для плавания по Финляндским шхерам, с практическою целью обучения рекрут. Плавание это Пущин совершил на галере "Свирепый".
В это время в России шла спешная постройка судов, и для этой цели было командировано в разные места России несколько офицеров для заготовления строительных материалов. Один из них, капитан Васильев, замедлил доставкой мачт и вообще был замечен в различных упущениях по службе; для расследования этого дела, а главное — для приведения в порядок всего, касавшегося предстоящей постройки судов, и был командирован на р. Хопер капитан 1-го ранга Пущин; он отправился туда 27-го декабря 1771 г. В постройке судов Пущин выказал столько понимания и умения распоряжаться этим сложным делом, что в 1772 году на него была возложена постройка транспортных судов и двух фрегатов при Новохоперской крепости. В продолжение одного года Пущин блестяще выполнил возложенное на него поручение, за что и получил особую благодарность с отдачей о том в приказе от Адмиралтейств-Коллегии.
По сдаче выстроенных судов, он возвратился в Петербург (в декабре 1772 г.), где его ожидало ответственное назначение — исправляющим должность капитана над Кронштадтским портом; Высочайшим указом 17-го мая 1774 г. Пущин пожалован был в чин бригадира и утвержден командиром порта. Много усовершенствований и нововведений произвел в порту Пущин за свое 4-летнее командование им; за труды по должности он 7-го июля 1776 г. получил денежную награду в 2000 рублей, а 1-го января 1779 г. был произведен в контр-адмиралы с оставлением капитаном порта, в каковой должности и пробыл до 28-го июля 1782 года, когда был произведен в вице-адмиралы и назначен генерал-интевдантом флота. В 1784 году Пущин опять выступает в качестве судостроителя: 14-го марта он был отправлен в Смоленск для построения на реке Днепре судов, предназначенных к предпринимаемому путешествию Императрицы "в Полуденные края"; Высочайшим указом было повелено отправить под командование вице-адмирала Пущина морских артиллерийских служителей и мастеровых для управления этими судами, командование же над флотилией, назначенной к плаванию по Днепру до Екатеринослава, было возложено, согласно указу от 2-го апреля 1787 года, на генерал-интенданта вице-адмирала Пущина.
Вторично Пущин сопровождал Государыню во время ее путешествия в Крым, в качестве командующего флотилией, на которой следовала Императрица, и на этот раз ходил от Киева до Екатеринослава. В вознаграждение за командование флотилией во время путешествий Императрицы Пущин был награжден орденом св. Александра Невского. По возвращении в Петербург 19-го мая, Пущин вступил в отправление своих обязанностей и в том же году был назначен присутствовать в Адмиралтейств-Коллегии. Когда наступила война со Швецией, и эскадра под командою адмирала
[Для просмотра данной ссылки нужно зарегистрироваться] вышла в море, Императрица не нашла никого другого для замещения должности адмирала, кроме Пущина, которому 27-го марта 1788 г. было поручено начальство над всеми строениями и работами, производившимися в Кронштадте, и исправление должности командира Кронштадтского порта впредь до возвращения адмирала Грейга из кампании. Многотрудные обязанности, лежавшие на Пущине, строительные работы, тяжелая интендантская работа, возложенная на него в военное время, заставили Пущина просить Императрицу временно освободить его от командования Кронштадтским портом, оставив его при должности генерал-интенданта и надзирающего за строительными работами, производившимися в Кронштадте. После смерти адмирала Грейга, Пущин был утвержден главным командиром Кронштадтского порта, причем в Высочайшем указе о назначении его было, между прочим, сказано, что местопребывание Пущина может быть по его личному усмотрению: "где больше надобности находить будет". 18-го октября 1788 года Императрица Екатерина писала Пущину: "Сегодня получила Я известие о кончине адмирала Грейга (15-го октября 1788 г.). Вы знаете его ко мне усердие, ревность к службе и превосходное искусство, доказанныя многими знаменитыми подвигами, и потому судить можете, колико чувствительна мне сия потеря. Если супруга его о том уже уведомлена, то я поручаю Вам к ней съездить и обявить участие, мною в печали ея приемлемое..." Оставаясь генерал-интендантом и главным командиром Кронштадтского порта, Пущин вынес на своих плечах всю тяжесть приготовлений к Шведской войне 1788—1790 годов. На нем лежали все мелкие и крупные дела по хозяйству, причем он работал почти один, являясь ответчиком за свои распоряжения: помощников возле него не было; морские чины порта или просто заведовали людьми, назначенными в их распоряжение, или же являлись только исполнителями распоряжений, исходивших от командира порта.
Под его личным надзором, кроме снаряжения и подготовки к войне 14-ти линейных кораблей, чинились и снаряжались еще все фрегаты и другие суда. Море около Кронштадта в этом году вскрылось поздно, и только 14-го мая Пущину удалось вывести эскадру на рейд, откуда она имела выступить 21-го мая на помощь нашему флоту, стоявшему в Ревеле. Не успел Пущин подать сигнала о движении вперед, как обнаружились недостатки в снаряжении эскадры. Прежде всего, 100 пушечный корабль "Двенадцать Апостолов" наскочил на английское купеческое судно; а два корабля "Иезекиил" и "Вышеслав" сели на мель. Поднялась ужасная суматоха. Пущин поехал сам спасать суда, которые неминуемо должны были бы погибнуть, если бы ветер, дувший с моря, усилился. При помощи разгрузки ему, однако, удалось снять корабли с мелей, и благодаря его энергии и знанию дела работы были скоро закончены, и эскадра двинулась в путь и поспела во время в Ревель. 19-го мая 1790 года Высочайшим указом Государыня повелела выдавать Пущину ежемесячно "на стол" 300 рублей в месяц и произвести эту уплату со дня вступления его на должность главного командира над Кронштадтским портом, а в том же году Пущин был произведен в адмиралы, оставаясь по-прежнему на своей должности. По окончании войны со Швецией Пущин сопровождал Государыню, осматривавшую укрепления у Красной Горки. Согласно Высочайшему указу от 15-го октября 1791 года, ему было поручено заведовать работами по исправлению канала Петра Великого на острове Котлине.
По вступлении на престол Императора Павла, Пущин 17-го декабря 1796 года был награжден орденом св. Апостола Андрея Первозванного, а в следующем году (11-го января) Высочайшим указом было повелено, "чтобы о всех случаях, встречающихся по Кронштадтскому порту, адмирал Пущин доносил прямо Его Величеству, а о тех, о коих должна быть сведуща Адмиралтейств-Коллегия, относиться в оную по-прежнему".
12-го февраля 1797 г. адмирал Пущин был командирован в Москву, а 26-го марта того же года получил новое назначение — командиром дивизии "Белого Флага". В день коронования Императора, 5-го апреля 1797 г., Пущину Высочайше было пожаловано 1300 душ крестьян в старостове Бобруйском, Минской губернии (эта награда была высшею по числу душ, розданных в то время Императором). В том же году, 7-го июля, адмиралу Пущину были поручены работы по постройке Кронштадтских гаваней, а 12-го июля Высочайшим указом он был назначен главнокомандующим Балтийским гребным флотом, с оставлением главным командиром Кронштадтского порта. В то же время Император подарил ему каменный дом в Петербурге, а 3-го августа Пущин был командирован из Кронштадта в Петербург, для присутствия в Адмиралтейств-Коллегии и для принятия командования над гребным флотом. Высочайшим указом 18-го августа на него было возложено производство разных работ по галерному порту, а также починка сараев и казарм морского ведомства. Рассмотрев сметы, представленные архитекторами, он нашел их очень преувеличенными и, написав свое "разсуждение" на эту тему, заслужил Монаршее благоволение, выраженное ему 13-го октября 1797 г. В следующем году, 26-го августа, ему было поручено обшить камнем "зюйдовую сторону" Кронштадтской крепости и произвести заготовку камня и других материалов и для остальной части "с зюйд-вестовым" бастионом. По окончании возложенного поручения Пущин 27-го октября 1797 г. был назначен сенатором в 4-ый Департамент с оставлением в должности главного командира Балтийского гребного флота и Кронштадтского порта и заведывающего всеми порученными ему строениями, работы по коим сдал своему преемнику 23-го июня 1800 года, а затем, по прошению, был уволен и от должности главного командира Кронштадтского порта.
После кончины Императора Павла Пущин оставался присутствующим сенатором, но слабость зрения и расстроенное здоровье заставили его просить об отставке, которую он и получил 21-го мая 1802 года. П. И. Пущин умер в Петербурге 7-го декабря 1812 года; погребен на Смоленском кладбище.