С 1 ноября 1775 года по 1778 год был назначен в Галифакс (Новая Шотландия) комиссаром от флота. Параллельно с 20 апреля 1776 года по 1778 год исполнял обязанности вице-губернатора Новой Шотландии. Поскольку губернатор Френсис Легг отбыл в Англию в июне, Арбютнот остался старшим администратором колонии. В этом качестве был занят в основном защитой колонии от возможных нападений, но также пытался погасить недовольство и сепаратистские настороения части жителей. Некоторые противники обвиняли его в падкости на любую, даже самую грубую лесть. Видимо, около этого времени был назнан в честь него британский приватир "Arbutnot". 23 января 1778 года он стал контр-адмиралом. 17 августа его сменил в должности вице-губернатора Ричард Хьюз, и Арбютнот покинул Галифакс.
19 марта 1779 года Арбютнот стал вице-адмиралом синей эскадры, а 2 мая поднял флаг на HMS Europe. В тот же год был назначен главнокомандующим Североамериканской станцией. Вскоре по прибытии к месту службы 25 августа был блокирован в Нью-Йорке французским адмиралом д'Эстеном.
В декабре 1779 доставлял войска генерала Генри Клинтона для осады Чарльстона (держал флаг на HMS "Roebuck") и поддерживал армию в ходе осады. Капитуляция города адресована им обоим. Однако взаимодействие между ними оставляло желать лучшего. Клинтон впоследствии называл его поведение «упрямым».
8 июня 1780 года Арбютнот и Клинтон вернулмсь из-под Чарльстона в Нью-Йорк, чтобы встретить ожидаемые подкрепления французов. Однако 11 августа те высадились в Род-Айленде. Клинтон считал, что если провести контр-высадку до того, как французы закрепятся, можно вынудить их оставить позицию. Но Арбютнот отказался сотрудничать. 14 сентября без предупреждения вернулся из Вест-Индии адмирал
[Для просмотра данной ссылки нужно зарегистрироваться] и взял командование в свои руки, несмотря на попытки Арбютнота сохранить самостоятельность.
26 сентября 1780 года Арбютнот стал вице-адмиралом белой эскадры. Прибывший ему на смену в качестве командующего вице-адмирал Грейвз вступил в должность в 1781 году.
16 марта 1781 года Арбютнот командовал эскадрой, у мыса Генри преградившей шевалье Детушу путь в Чесапик. После этого вернулся в Англию. Хотя французы оставили Чесапик побитой британской эскадре, и мыс Генри обернулся своего рода победой, Детуш явно превзошел Арбютнота маневром, и бой прекратился только из-за больших повреждений с обеих сторон. Родни, вообще мало кого жаловавший похвалой, отозвался о способностях Арбютнота особенно резко.
1 февраля 1793 года по старшинству во флотском списке был произведен в адмиралы синей эскадры. Умер в Лондоне 31 января следующего, 1794 года.