В 1817 году Бойль был командирован на фрегате «Патрикий» в Испанию, откуда, по передаче фрегата испанскому правительству, вернулся в Кронштадт. В 1819 году Боиль был зачислен в полярную экспедицию под командой капитан-лейтенанта Васильева и оставался в плавании по Ледовитому океану до 1822 года. За участие в этой экспедиции Бойль был награжден орденом Св. Владимира 4-й степени и в 26 ноября 1826 года был награжден орденом Св. Георгия 4-й степени за проведение 18 морских кампаний. Во время этого плавания Бойль подробно описал один мыс в Бобровом море, названный его именем.
В 1823—1824 годах Бойль плавал в практической эскадре под начальством капитан-командора
[Для просмотра данной ссылки нужно зарегистрироваться]. В 1826 году был произведен в чин капитан-лейтенанта. В 1827 году назначен командиром 24-пушечного фрегата «Помощный», на котором в 1828 году принимал участие в блокаде Дарданелл. В 1829 году переведен на фрегат «Александра», и в скором времени был назначен его командиром. В 1830 году вернулся на этом фрегате из Средиземного моря и за усердную службу произведен императором Николаем I, посетившим фрегат, в чин капитана 2-го ранга и переведён в 15-й флотский экипаж. В 1831 году Бойль назначен командиром корабля «Император Александр I» и переведен в 14-й флотский экипаж. В 1834 году произведен в чин капитана 1-го ранга. 19 марта 1842 года произведен в чин контр-адмирала и назначен командиром 3-й бригады 3-й флотской дивизии. В 1845 году он был награжден орденом Св. Владимира 3-й степени, а 26 ноября 1847 года - орденом Св. Станислава 1-й степени.
В 1849 году Бойль был вынужден оставить службу на море вследствие расстроившегося здоровья и перейти на береговую службу, которую он начал, получив должность члена общего присутствия Морского интенданства.
22 марта 1850 года он уже получил новое назначение в Архангельск, исправляющим должность главного командира Архангельского порта и архангельского военного губернатора, с управлением и гражданской частью. В этом же году, для ознакомления с вверенной его управлению областью, Бойль предпринял трудную поездку по восточной части Архангельской губернии. Одетый в самоедское платье, на самоедских санях, запряженных оленями, он объехал Пинежский и Мезенский уезды и побывал в самых отдаленных местах по Печоре, на берегу Ледовитого океана, в Усть-Сысольске, Ижме и Пустозерске, посетил даже чумы самоедов.
В июне того же года Бойль решил обозреть и западную часть губернии, но ненастная погода расстроила его планы: он вытерпел несколько бурь в Белом море и принужден был вернуться в Архангельск. 8 апреля 1851 года он был произведен в чин вице-адмирала. В 1853 году Бойль выхлопотал себе право на вооружение Архангельского порта, а когда разрыв с державами совершился и губерния была объявлена на военном положении, Бойль, облеченный властью командира отдельного корпуса, с такой осторожностью и уменьем взялся за дело защиты Северного края от неприятеля, что тот ни разу не осмелился сделать открытого нападения на русский порт. 11 апреля 1854 года Бойль был награжден орденом Св. Анны 1-й степени. В декабре этого же года он явился в Санкт-Петербург по делам обороны Архангельска и тотчас по приезде, с обычной своей неутомимостью и энергией, принялся за хлопоты. Но на этот раз смерть пресекла начатое им дело.