У входа в Магелланов пролив корабли попали в сильный шторм, во время которого по вине Элькано погиб "Санкти Эспиритус". Его экипаж оказался на берегу, вскоре у них стали подходить к концу запасы провизии. 20 января 1526 года к эскадре подошли отставшие корабли под командованием Лоайсы, которые подобрали находившихся на берегу людей. На какое-то время вся флотилия (за исключением погибшего корабля) оказалась в сборе. Но в начале февраля разыгрался новый шторм. Корабли "Санто Лесмес" и "Санта Мария дель Парраль" были унесены к югу, где видели "конец земли". Это была или южная оконечность Огненной Земли или один из островов за которым простиралось открытое море. Но тогда на это сообщение не обратили внимания. В эти же дни из состава эскадры дезертировали два судна. Капитан "Анунсиадо" решил попытаться достичь Молуккских островов восточным путём, вокруг мыса Доброй Надежды, его корабль пропал без вести. "Сан Габриель" отправился на север и вернулся в Испанию с грузом бразильского дерева. Это было единственное судно вернувшееся в Испанию.
Оставшиеся четыре судна вновь собрались в устье реки Санта Крус, где приступили к ремонту повреждений. В конце марта они снялись с якоря и 5 апреля вошли в Магелланов пролив, который прошли за 7 недель (Магеллан прошел за 4 недели). После выхода из пролива 1 июня 1526 года эскадра попала в страшную бурю, которая навсегда разлучила корабли.
"Санто Лесмес" пропал без вести, возможно, потерпел крушение у одного из островов Полинезии. "Сантьяго де Гевара" (капитан самого маленького судна Сантьяго) понимал, что ему не хватит припасов для пересечения океана, поэтому отправился на север, рассчитывая достичь испанских поселений в Северной Америке. Он прошел 7000 километров за семь недель и доказал, что Южная Америка нигде не выступает далеко на запад. Хорхе Нахеро на каравелле "Санта Мария дель Парраль" самостоятельно пересек Тихий океан и потерпел крушение у Филиппин. Часть экипажа спаслась.
На флагманском корабле "Санта Мария де ла Виктория" находилось 145 человек, включая Лоайсу, Элькано и
[Для просмотра данной ссылки нужно зарегистрироваться]. Более 40 из них умерли во время плавания. 30 июля умер Лоайса. Адмиралом стал Элькано (умер 6 августа). Командование принял
[Для просмотра данной ссылки нужно зарегистрироваться]. 21 августа впервые увидели землю (вероятно, Маршалловы острова). 4 сентября подошли к острову Гуам, где подобрали Гонсало Виго, дезертира из экспедиции Магеллана. Вскоре умер Саласар и командиром стал Мартин Иньигес Каркасано. 2 октября достигли Минданао, 1 января 1527 года прибыли к Тидоре, где начали строить укрепления.
Дальнейшая судьба экспедиции
С помощью местных жителей они отбили нападение португальцев. Командир испанцев вскоре умер, новым командиром стал Эрнандо де ла Торре. "Санта Мария" пришла в полную негодность и испанцам оставалось надеяться лишь на помощь из Испании.
В 1527 году из Новой Испании к Молуккским островам вышла экспедиция
[Для просмотра данной ссылки нужно зарегистрироваться]. В начале 1528 года единственный уцелевший корабль из этой экспедиции "Флорида" достиг Филиппин и подобрал оставшихся в живых моряков с "Санта Мария дель Парраль". В конце марта он пристал к острову Тидоре. На борту корабля было всего лишь 45 человек и они мало чем могли помочь находившимся на острове испанцам. В 1528 и в 1529 году Сааведра дважды пытался достичь Новой Испании переплыв Тихий океан с запада на восток, но оба раза неудачно. В это время Карл I продал свои "права" на Молукки за 350 000 дукатов. Вскоре оставшиеся в живых испанцы попали в руки португальцев. Из всех участников экспедиций Лоайсы и Сааведры пересекших Тихий океан в Европу 26 июня 1536 года вернулось лишь восемь человек. Среди них был Андрес де Урданета, который в будущем откроет путь от Филиппин к Мексике.