В 1827 году на шварте брига "Байкал" в порту Сан-Диего (Калифорния) И. Я. Васильев с риском для жизни спас 9 тонувших солдат Мексиканской республики. Подвиг отмечен был благодарственном письме на испанском языке, отчего И. Я. Васильева просил начальство занести это в его послужной список. В том же году И. Я. Васильева зачислили в произвели флотских штурманов прапорщики с выдачей ему 150 руб. на новую униформу за счёт гидрографической службы.
В 1829 и 1830 годах И. Я. Васильев руководил экспедицией по
Аляске. Эта экспедиция вошла в историю географического изучения Аляски как первая научная экспедиция, обследовавшая глубинные районы рек Нушагак и Кускоквим. Путевые журналы экспедиций И. Я. Васильева 1829 и 1830 годов до сих пор не найдены. Некоторую информацию из этих журналов использовали
[Для просмотра данной ссылки нужно зарегистрироваться] (1839), Л. А. Загоскин (1847), М. Д. Тебеньков (1852), П. А. Тихменев (1963).
19 января 1830 года в Воскресенской церкви в Павловской гавани на Кадьяке прапорщик Иван Яковлевич Васильев венчался с Екатериной, дочерью священника Фрументия Мордовских, от которой родилась дочь Елизавета (1833).
6 апреля 1830 года произведён в звание подпоручика корпуса флотских штурманов. Окончив опись юго-восточного побережья полуострова Аляска летом 1832 г., он снова возвратился в Павловскую гавань. Оттуда И. Я. Васильев 16 ноября 1832 года прибыл в Ново-Архангельск и продолжил свою службу первоначально "при береге" под непосредственным начальством главного правителя колоний Ф. П. Врангеля.
2 мая 1834 года И. Я. Васильев вышел на шлюпе "Ситха" из Ново-Архангельска в Охотск. Через всю Сибирь он направлялся в
Санкт-Петербург, где 15 февраля 1835 года узнал о произведении его в звание поручика корпуса флотских штурманов. Служил на
Балтийском море, но мечтал вернуться в Русскую Америку и окончить исследования в районе Юкона и залива Нортон.
7 июля 1838 года является последней известной датой в жизни И. Я. Васильева. Однако, историк российского флота Н. А. Ивашинцов, составляя список участников русских кругосветных плаваний в 1872 году, отметил, что Иван Васильев, участник плавания на бриге "Рюрик" под командованием Е. А. Клочкова в 1821 году, "скончался на службе поручиком".
Информация о штурмане Иване Яковлевиче Васильеве сохранилась в разрозненных архивных записях, упоминаниях другими исследователя в своих работах, отчего не все данные о жизни и смерти мореплавателя однозначны. Долгое время имена И. Я. Васильева и И. Ф. Васильева объединялись в одну биографию. Догадка о том, что в исследовании Аляски в разное время принимали участие два морских офицера-однофамильца, принадлежит американскому историку У. Г. Доллу, составившему наиболее полный хронологический перечень русских географических исследований на Аляске. Обширную работу по собиранию информации в архивах России и США и установлению личностей и судеб однофамильцев штурманов Васильевых проделала российский историк, этнограф Фёдорова Светлана Григорьевна.