После возвращения много лет прослужил на юге России (1667-1685 годы), особенно в Севске, принимая участие в военном управлении краем. В 1671 году ходил с полком на усмирение бунтующих казаков в Новый Оскол. В 1676 году участвовал в военных действиях против П. Дорошенко.
В 1677 году во главе драгунского полка участвовал в
Первом Чигиринском походе и, следуя в русском авангарде, устроил укрепление при Бужинской переправе.
Особенно прославился при героической обороне Чигирина от огромной Османской армии во
Втором Чигиринском походе: ещё в апреле 1678 года во главе своего драгунского полка прибыл в Чигирин, во время осады, после гибели 3 августа воеводы И. И. Ржевского, возглавил гарнизон, лично поджег пороховой магазин и покинул крепость одним из последних, за что 20 августа 1678 года произведен в генерал-майоры.
После оставления Чигирина получил назначение в Киев и занялся его укреплением, будучи одним из лучших в России военных инженеров. В 1683 году произведен в генерал-поручики.
Вскоре вызвал неудовольствие князя
В. В. Голицына своим ходатайством об отъезде на родину, за что ему пригрозили разжалованием в прапорщики, хотя эта угроза не осуществилась.
В 1686 году король Англии и Шотландии Яков II пожаловал Гордона рангом чрезвычайного британского посланника в России, но назначение не было утверждено царским правительством, поскольку он оставался на русской военной службе. В 1687 году он назначен командиром 2-го выборного Московского (позже - Бутырского) полка.
Под началом В. В. Голицына участвовал в
Крымских походах 1687 и 1689 годов, несмотря на неудачу первого похода, 9 сентября 1687 года получил
чин полного генерала.
Блестящий смотр, произведенный юным
[Для просмотра данной ссылки нужно зарегистрироваться] Бутырскому полку 3 февраля 1687 года[2], зародил в нём симпатии к Гордону.
События 1689 года, приведшие к падению царевны Софьи, поставили Гордона в близкие и даже дружеские отношения с царём. 4 сентября в Иноземскую слободу пришла царская грамота, в которой Петр приказывал иноземным генералам и офицерам прибыть к нему в Троице-Сергиеву Лавру. Гордон, как старший из иностранных офицеров, счел необходимым идти в Лавру, вопреки воле царевны и князя В. В. Голицына. Но, принимая такое решение, Гордон в то же время уведомил о царском указе князя Голицына и просил его согласия для следования в Лавру. Смущенный Голицын ответил, что покажет грамоту царю Ивану и царевне и тогда скажет, что делать. Гордон возразил, что когда царю и его семейству грозит опасность, начальник должен исполнять долг присяги, хотя бы и не получив приказа от вышестоящего начальства. Не дождавшись до вечера ответа Голицына, Гордон во главе иноземных офицеров отправился в Лавру, куда прибыл на следующий день. Во многом благодаря этому Петр одержал победу без кровопролития, что побудило его с особой признательностью относиться к Гордону. После Троицкого похода Гордон становится руководителем всех военных занятий Петра, хотя гипотеза о командовании им также 1-м выборным Московским полком в дневнике самого Гордона не подтверждается.
Гордон обладал зрелым умом, большими военными познаниями, имел богатый боевой опыт, умел держать войсковые части в строгой дисциплине, был распорядителен и храбр, но в то же время предусмотрителен, осторожен и скромен. Свои военные практические знания Гордон поддерживал и освежал изучением лучших военных сочинений по артиллерии, фортификации, устройству и образу действий войск в различных государствах. Обладая во всех отношениях высокими нравственными качествами, Гордон был любим и уважаем не только обитателями Иноземской слободы в Москве, но и многими из русских.
Ещё в 1688 году десятки хорошо обученных гордоновых бутырцев пополнили ряды рождавшегося Преображенского полка. Шотландец стал "крестным отцом" российской гвардии, впервые применив этот термин к петровским "потешным" в своем Дневнике 8 августа 1689 года, и многое сделал для их превращения в боеспособные регулярные части. Первые командиры преображенцев и семеновцев: Ю. фон Менгден, А. Шарп (Шарф) и И. И. Чамберс - ставленники Гордона, причем последние двое - тоже из шотландцев.
[Для просмотра данной ссылки нужно зарегистрироваться]
Могила Патрика Гордона
на Введенском кладбище.
Перенесена в 1877 из бывшей
Немецкой слободы. Начиная с января-февраля 1690 года он постоянно ездит в Преображенское и почти неразлучен с младшим царем. О значении этого человека говорит тот факт, что первый в истории визит русского царя к иноземцу состоялся 30 апреля 1690 г., когда Петр I со свитой пожаловал именно в дом Гордона в Иноземской слободе. Их долгие и доверительные беседы касались всевозможных вопросов европейской политики, устройства, содержания и вооружения войск.
Отныне Гордон руководил войсковыми учениями, стрельбами, полевыми фортификационными работами, устройством военных лагерей, отработкой способов построения. Он обращал особое внимание на стрельбу в цель и действия гренадеров, из которых он впервые в России составил особую роту в своем полку. Учения отдельных полков перешли в общевойсковые, отдельные упражнения пехоты — в баталии пехоты и конницы. Венцом занятий Гордона с Петром были маневры.
В 1694 году Гордон в ранге первого русского контр-адмирала (шаутбенахта) участвует в поездке Петра в Архангельск и на
Белое море и переводит на английский первый свод русских морских сигналов, а чуть позже он уже главный руководитель Кожуховского похода. Знающий, уравновешенный и осторожный Гордон много способствовал развитию у царя выдержки и осмотрительности при решении военных и политических вопросов.
В 1695 и 1696 годах он был одним из русских военачальников в Азовских походах, наряду с А. М. Головиным и Ф. Лефортом, причем руководил осадными работами, исполняя обязанности инженер-генерала. Гордон был главным инициатором взятия этой крепости с помощью "подвижного" земляного вала в 1696 году.
В 1698 году под формальным начальством боярина А. С. Шеина он разгромил мятежных стрельцов под Воскресенским Новоиерусалимским монастырем, после того как дважды, рискуя жизнью, ездил в стан бунтовщиков.
Будучи ревностным католиком, Гордон в 1684 году добился у царей разрешения основать в Москве первый в России постоянный католический храм, чему доселе категорически противилось как православное духовенство, так и протестантское большинство обитателей московской Немецкой слободы. Деревянная часовня была построена к 1687 году, но в 1705 году сгорела. Каменная церковь на её месте была возведена в 1706 году.