В 1785 году был произведён в корабельные мастера премьер-майорского ранга. 6 сентября 1785 года заложил в Санкт-Петербургском адмиралтействе 100 пушечный линейный корабль "Святой Равноапостольный князь Владимир", который спустил на воду 2 августа 1788 года. В 1786—1789 годах в том же адмиралтействе построил небольшие парусные одномачтовые военные катера 38-пушечные "Вестник", "Летучий", "Лебедь", "Баклан" и 20-пушечные "Кречет" и "Ястреб". С 1777 года Катасанов находился в Кронштадте, занимался починкой старых судов. 9 июля 1778 года заложил на верфи в Кронштадте, спроектированный вместе с
[Для просмотра данной ссылки нужно зарегистрироваться] 66-пушечный линейный корабль "Победоносец". В декабре 1787 года по императорскому указу на Галерной верфи Д.А. Масальский приступил к постройке гребного, оснащённого "тяжеловесною артиллериею", специальной постройки, по опыту шведских кораблестроителей, судна — 30-пушечной шебеки "Летучая", проект которой составил еще 10 лет назад корабельный мастер А.С. Катасанов, после изучения секретов иностранного кораблестроения во время своей командировки в Швецию. Д. Масальским было построено всего восемь шебек специальной постройки и 18-пушечный бомбардирский корабль "Победитель" (спущен на воду спущен 20 мая 1788) на Галерной верфи. Также, в 1788 году разработал проект бронированных плавучих плотов, по которым уже после смерти Масальского, в конце 1854 года корабельный инженер А.Я. Гезехус сделал чертёж, а инженер-полковник С.И. Чернявский построил первый экземпляр подобного плота броненосного плота. В 1790 году за постройку на городской верфи казённых судов, в том числе 70 канонерских лодок, произведён в корабельные мастера полковничьего ранга.
С 1790 по 1796 годы на верфях Кронштадта и Санкт-Петербурга построил четырнадцать 38-пушечных гребных фрегатов типа "Александр". На Кронштадтской верфи построил и 23 апреля 1790 года спустил на воду фрегаты: "Александр", "Александра", "Екатерина", "Елена" (совместно с корабельным мастером И. Кутыгиным), "Константин", "Мария", "Николай", "Павел". В Санкт-Петербургском адмиралтействе построил фрегаты: "Александр" (спущен 10 октября 1792), "Екатерина" (спущен 17 октября 1792), "Елизавета" и "Мария" (спущены 25 августа 1794), "Константин" и "Николай" (спущены 9 октября 1796), бомбардирский корабль "Гремящий".
В 1792 году Д.А. Масальский совместно с судостроителем В.А. Сарычевым разрабатывали чертежи двух 8-пушечных бригов "Котка" и "Куцал Муллим", построенные в Санкт-Петербургском адмиралтействе в 1793—1794 годах.
В 1792 году Д.А. Масальский за личные заслуги был пожалован в потомственное дворянство, в 1794 году награждён орденом Святого Владимира 4 степени. 11 сентября 1795 года в Санкт-Петербургском адмиралтействе заложил 74-пушечный корабль, однако который достроен не был и в 1798 разобран. 1 января 1796 года Д.А. Масальский был пожалован в полковники. 16 октября 1798 года уволен от службы с награждением ранга и с пенсионом.
В 1798—1800 годах на Херсонской верфи по проекту А.С. Катасанова, чертежам Д.А. Масальского и В.А. Сарычева были построены 74-пушечные линейные корабли: "Тольская Богородица" (строитель И.И. Тарусов), "Мария Магдалина Вторая" (строитель В.И. Потапов), "Святая Параскева" (строитель М.И. Суровцов).
15 октября 1800 года стал членом Коммерц-коллегии. В 1811 году был произведён в ранг действительного статского советника. Масальский владел имением в селе Павловское Суздальского (с 1778 года — Ковровского) уезда.
От брака с Марией Ефимовной Пожарской (1754—1827) имел 17 детей; их внуком являлся князь Николай Масальский.
Даниил Афанасьевич Масальский умер 13 ноября 1832 года и был похоронен на Смоленском кладбище в Санкт-Петербурге.