В 1836-1837 годах крейсеровал на фрегате "Паллада" в
Финском заливе. В 1837 году за составление разрезной модели 84-пушечного корабля для Его Высочества генерал-адмирала Константина Николаевича был пожалован золотой табакеркой Государём Императором Николаем I. С 1840 года М. М. Окунев работал на инженерно-судостроительных должностях в Гребном порту на Галерном островке в Петербурге, возглавлял ремонт транспортных и ластовых судов. В 1838 году был произведён в поручики, а 30 марта 1841 года в штабс-капитаны.
25 октября 1841 года переведён на Черноморский флот, где заведовал строительством малых судов: портовых пароходов (1842 - строитель парохода "Скромный" в 40 л.с., 1842-1844 - строитель парохода "Страшный", 1843 - строитель лоц-шхуны "Астролябия"), транспортов, лоцмейстерских и маячных судов, в том числе и первого на Чёрном море железного судна - бота (1849), руководил сборкой судов, присланных частями из Англии.
В 1844 году он был командирован в Англию, где за несколько месяцев посетил почти все основные английские верфи, занимавшиеся железным судостроением. Вернувшись на Родину, представил адмиралу
[Для просмотра данной ссылки нужно зарегистрироваться] доклад о необходимости заказать в Англии первые железные пароходы для Черноморского флота, чтобы затем иметь возможность организовать железное судостроение своими силами в Николаеве. В 1845 году Окунев был командирован на уральские заводы для указания нового способа выплавки якорей. 23 марта 1847 года произведён в капитаны, направлен вновь на уральские заводы для наблюдения за выковкой конструкций для железного парохода и двух железных барж, после чего производил освидетельствование мачтовых деревьев в Пермской, Вятской и Костромской губерниях.
С 1849 года работал старшим корабельным инженером в Николаевском порту по постройке транспортов "Прут", "Килия", "Арагва", "Ренни", парохода "Ординарец" и лоцмейстерского судна "Буг". В порту организовал железное кораблестроение, построил железный бот и собрал присланные из Англии баржу и землечерпательную машину.
В 1851-1853 годах работал на Нижегородской фабрике (позднее Сормовский завод) Волжского пароходства, где организовал железное и паровое судостроение. Построил восемь железных и четыре деревянных парохода для плавания по Волге. 27 марта 1853 года, по возвращении из командировки, зачислен в корпус корабельных инженеров Балтийского флота.
В 1854 году командирован в астраханский порт, где на пароходе "Тарки" осматривал порты Каспийского моря для выбора места под строительство судостроительной базы. В Нижнем Новгороде заказал пароходы и механизмы для астраханского порта. 27 марта 1855 года произведён за отличие в подполковники.
В 1856 году был командирован из Астрахани во Владимирскую, Орловскую и Калужскую губернии для обозрения и исправления работ по заказам для каспийской флотилии, после чего сопровождал кавказского наместника князя А. И. Барятинского на пароходе "Астара" от Нижнего Новгорода до Астрахани. В 1856-1858 годах в Астрахани - строитель винтового транспорта "Калмык" в 200 л.с. 4 января 1858 года назначен старшим корабельным инженером астраханского порта. Под его контролем были построены на частных заводах пароходы "Астрахань" и "Дербент", винтовые шхуны "Казак" и "Туркмен", лично руководил постройкой винтового железного транспорта "Киргиз" и плавучего дока на верфи купца Тетющенова. На верфи Камско-Волжского пароходства построил транспорты "Татарин" и "Лезгин", руководил строительством астраханского механического завода. В 1859 году построил винтовые шхуны "Персиянин" и "Хивинец" в 60 л.с., а в Нижнем Новгороде шхуны "Бухарец" и "Курд".
10 октября 1859 года переведён в Петербургский порт судостроителем, а 29 марта 1860 года назначен старшим судостроителем Кронштадтского порта. Руководил капитальным ремонтом судов и достройкой боевых кораблей, в том числе корабля "Прохор", корветов "Новик", "Рында", "Богатырь" и "Баян", клиперов "Алмаз" и "Жемчуг".
30 июля 1862 года М. М. Окунев был уволен по прошению в отставку с чином полковника Корпуса корабельных инженеров. Занимался научной деятельностью, публиковал статьи в журнале "Морской сборник" по вопросам судостроения и машиностроения, стал заведующим наиболее ответственного отдела этого журнала, занимавшегося вопросами броненосного судостроения. Был одним из организаторов в 1866 году и председателем IV отдела Русского технического общества.
12 февраля 1868 года вновь поступил на службу с назначением старшим судостроителем Петербургского порта. 1 января 1869 года аттестован в полковники, а 13 января назначен членом кораблестроительного отделения Морского технического комитета, с отчислением от прежней должности. В 1870 году был командирован в Англию для осмотра новейших броненосных судов. 9 сентября 1871 года Окунев был произведён в
генерал-майоры. В 1872 году вместе с кораблестроителем
А. Е. Леонтьевым возглавил строительство броненосца «Крейсер» (переименованного позднее в "Пётр Великий").
В 1872 году был командирован в Англию. Вскоре после возвращения из заграничной командировки Михаил Окунев простудился и заболел крупозным воспалением легких. Умер Михаил Михайлович Окунев 24 февраля 1873 года[6]. Похоронен на Смоленском православном кладбище в Санкт-Петербурге.
Награды
Орден Святой Анны 3-й степени (1846);
Орден Святой Анны 2-й степени (1870);
Орден Святого Владимира 4-й степени (1871);
Золотая табакерка от Государя Императора (1837).