Способов, как я выразился, целая масса. Кроме озвученного выше, можно, проявив некоторую ловкость, делать "одновременно" (не в буквальном смысле этого слова) хорошие и плохие дела. Сначала чуть побыть кибальчишом: выполнять задания и поручения, быть милостивым в мосрском бою, то есть отпускать сдавшихся капитанов и команды и прочее. Увидели, что лояльность офицеров с положительной репутацией увеличилась, занимаемся ровно тем же, но наоборот: отказываемся от заданий, берём их и проваливаем (задание на доставку груза отлично подходит, правда будет огромный минус в репутацию Главного Героя) и так далее. Этим способом можно не только держать лояльность офицеров на одном уровне, но, если мне не изменяет память, поднять их до максимума. Это вкорне не сложно, я, к примеру, лавируя над своими любимыми офицерами с разной репутацией, не очень напрягался, но у кибальчишей лояльность росла, а в плохишей, по крайней мере, оставалась на одном уровне. В общем, дерзайте.
Естественно, я не открыл Америку, а изложил общеизвестный факт.