[Tartanist]

Вопрос: заменять хотите анимацию или сами флаги?
Потому что есть текстуры флагов, они лежат здесь: *Папка с игрой*\RESOURCE\Textures\flags
Я не помню, как в дефолте (1.2.12) называется файл (файлы) с текстурами, потому что в мод-паке ГПК и ККС там уже много файлов - появляется разделение на торговые/военные/личный флаг ГГ и так далее. В 1.2.12, по идее, должен быть один набор флагов.
Для замены нужно новые флаги того же размера и в формате tga конвертировать в tx и положить в эту папку, взяв название файла у исходных флагов.
Ну и программой ConvertorTX стоит для начала вообще текстуры исходных флагов из этой папки посмотреть, чтобы понять, какого они размера, в какой последовательности и т.п.

Это про текстуры, сами рисунки на флагах. Анимация у них в игре есть (они развеваются на ветру, а не сидят как прибитые), как её поменять (ускорить/замедлить/изменить амплитуду) - не смогу подсказать.