В 1838 г. Манганари находился на боевом крейсерства у абхазских берегов. Сначала он командовал пароходом «Колхида», а затем был командиром шхуны «Забияка». В 1840 - 1843 гг. он занимался топографической съемкой берегов Крыма и Абхазии, осуществлял промеры глубин Черного моря. Гидрографические работы у кавказских берегов М.П. Манганари совмещал с боевой службой. В 1842 г. он был награжден орденом св. Станислава ІІ степени.
В 1845 г.
[Для просмотра данной ссылки нужно зарегистрироваться] организовал изучение Мраморного моря, на которое тогда не было карт. На гидрографические работы Лазарев даже получил согласие султана, но при условии, что они будут выполняться на турецких судах. Начальником экспедиции был назначен капитан-лейтенант М.П. Манганари. Получив в свое распоряжение 2 турецких судна (корвет «Гюлы-Сефид» и шхуну «Мистика») и 14 офицеров (11 российских и 3 турецких), он начал исследования осенью 1845 г. и окончил их в конце лета 1848 г. В результате работы экспедиции были составлены топографические карты всего моря и его проливов — Босфора и Дарданелл. По итогам работ в Николаеве была издана первая лоция Мраморного моря, составленная М.П. Манганари.
В 1850 г. капитан 1-го ранга М.П. Манганари был командирован в столицу и до 1853 г. находился там при гидрографическом департаменте Морского министерства для наблюдения за изданием карт Мраморного моря. В 1853 г. карты, наконец, были изданы. В том же году Михаил Павлович назначен управляющим Черноморской штурманской ротой (так стало называться Черноморское штурманское училище). 8 сентября 1853 он получил чин контр-адмирала. В 1862 г. М.П. Манганари получил орден св. Владимира ІІІ степени с »Мечами» (ордена с мечами присваивались за участие в военных действиях) и был назначен в Черноморскую флотилию.
В 1863 - 1873 гг. М.П. Манганари исполнял обязанности командира Севастопольского и главного командира Николаевского портов.
1 января 1864 г. Михаилу Павловичу присвоили чин вице-адмирала. В 1866 г. он награжден орденом Св. Станислава І степени, а в 1871 г. орденом Св. Анны І степени. В отсутствие вице-адмирала
[Для просмотра данной ссылки нужно зарегистрироваться], отозванного в Петербург, вице-адмирал М.П. Манганари в 1873 - 1875 гг. исполнял обязанности главного командира Черноморского флота и портов.
1 января 1881 г. адмирал М.П. Манганари назначен главным командиром Черноморского флота и портов и военным губернатором г. Николаева. Хотя Михаил Павлович был всего один год на этом посту, однако внес определенный вклад в развитие города. Именно в 1881 г. братья Андрон и Лука Донские открыли в г. Николаев небольшую кузницу по ремонту сельскохозяйственного инвентаря. Позже на ее базе вырос завод «Дормашина». В ноябре 1881 г. был утвержден устав первой общественной библиотеки в г. Николаев, а в декабре того же года Карлом Монте был открыт новый театр на 900 мест. При М.П. Манганари на горе Ингул начала действовать спасательная станция, было основано Николаевское общество заботы о бедных. В 1881 г. Михаил Павлович участвовал в разработке кораблестроительной программы, по которой в течение 20 лет предполагалось построить на Черном море мощный броненосный флот. В январе 1882 г. М.П. Манганари стал членом Адмиралтейской совета России и уехал в Петербург.
М.П. Манганари умер 1887 г. на 83-м году жизни, похоронен на Николаевском городском кладбище. По завещанию М.П. Манганари, три дома, принадлежавшие ему, передавались благотворительным учреждениям г. Николаева.
Память
Еще при жизни М.П. Манганари, в 1882 г., в ознаменование его заслуг перед городом, Гимназическая площадь в Николаеве, постановлением городской Думы, переименована в Манганариевский сквер.
В Севастополе имя Манганари носит мыс, разделяющий Камышовую и Казачью бухты.