В 1805—1806 годах на Охтинской верфи построил 22-пушечные корветы "Флора", "Мельпомена" и "Помона". 1 февраля 1806 года произведён в 9 класс Табеля о рангах. В 1807—1808 годах построил на Лодейнопольской верфи 36-пушечные фрегаты "Кастор" и "Полукс", 14-пушечные катера "Лось", "Олень", "Ястреб", "Дрозд", "Сверчок" и "Муравей". Вместе с корабельными мастерами А.К. Каверзневым и А.П. Антипьевым построил на той же верфи 69 канонерских лодок специальной постройки, 10 провиантских судов и 24 бота. Все построенные суда участвовали в войнах со Швецией в 1808—1809 годах и с Англией в 1807—1812 годах. В 1808 году Г.С. Исаков был награждён
премией 2700 рублей. 24 декабря 1808 года произведён в корабельные мастера 8 класса.
В 1808—1809 годах в Главном Адмиралтействе Санкт-Петербурга Г.С. Исаков построил 14-пушечные галеты (малое двухпарусное судно) "Олень" и "Пчела" и 12-пушечную императорскую гвардейскую яхту с парусным вооружением брига "Нева" для великого князя Константина Павловича. За постройку яхты был награждён
бриллиантовым перстнем.
15 января 1809 года в Санкт-Петербургском адмиралтействе самостоятельно заложил свой первый 74-пушечный линейный корабль "Память Евстафия". Достроить и спустить на воду корабль Исакову не довелось, так как он был направлен к другому месту службы. Корабль "Память Евстафия" был спущен на воду 30 сентября 1810 года помощником Г.С. Исакова, будущим знаменитым кораблестроителем
[Для просмотра данной ссылки нужно зарегистрироваться]. В 1810—1812 годах в Новом адмиралтействе Санкт-Петербурга Г.С. Исаков построил 74-пушечные парусные линейные корабли "Мироносец" и "Юпитер", а также 14-пушечные галеты "Торнео", "Паллада" и "Церера".
В 1812 году на Галерной верфи Санкт-Петербурга совместно с корабельным мастером
[Для просмотра данной ссылки нужно зарегистрироваться] построил 60 канонерских лодок, которые участвовали в Отечественной войне 1812 года и войне с Францией 1813—1814 годов.
7 августа 1814 в Санкт-Петербургском Главном адмиралтействе совместно в кораблестроителем В.А. Ершовым приступил к строительству 110-пушечного корабля "Лейпциг". Корабль был спущен на воду 20 сентября 1816 года и вошёл в состав Балтийского флота. 12 декабря 1816 года Г.С. Исаков произведён в корабельные мастера 7 класса, в 1817 году награждён
орденом Святого Владимира 4 степени.
В 1819 году построил камели для судов 44-пушечного ранга. 25 мая 1820 года был назначен членом главной контрольной экспедиции. В 1820—1821 годах Г.С. Исаков строил в Петербургском порту 34-пушечный корабль "Эмгейтен", помощником при строительстве у него был, впоследствии знаменитый учёный-кораблестроитель
[Для просмотра данной ссылки нужно зарегистрироваться]. 12 декабря 1822 года произведён в коллежские советники. 5 января 1826 года награждён
орденом Святой Анны 2 степени. 15 апреля 1826 года был назначен исправляющим должность директора кораблестроения, 22 декабря — переименован в полковники Корпуса корабельных инженеров.
В 1826—1829 годах в Санкт-Петербургском Главном адмиралтействе Г.С. Исаков построил три крупных, водоизмещением — 4413 тонн, 110-пушечных линейный парусных корабля. 13 октября 1827 года спустил на воду головной корабль серии "Император Александр I", за что был награждён
единовременной денежной премией 2000 рублей. 2 мая 1829 года спустил корабль "Император Пётр I", а 15 октября того же года — "Святой Георгий Победоносец". За постройку кораблей был награждён
бриллиантовым перстнем в 3000 рублей, а в день спуска "Святого Георгия Победоносца" произведён за отличие в генерал-майоры Корпуса корабельных инженеров.
26 февраля 1833 года был назначен временным членом Кораблестроительного и учётного комитета Морского ведомства. В 1834 году находился с инспекцией в Архангельске с целью изучения состояния кораблестроения в Архангельском адмиралтействе и выработке мер по дальнейшему его развития.
6 августа 1835 года назначен исправляющим должность инспектора Корпуса корабельных инженеров. С 1837 по 1850 годы ежегодно находился в комиссиях по дефектным исправлениям судов Кронштадтского порта. В 1841 году назначен к наблюдению за всеми судостроительными работами Морского ведомства. 16 апреля 1841 года был награждён
орденом Святого Станислава 1 степени. 25 июня 1847 года за долговременную службу построенных им судов, по Высочайшему повелению, был пожалован
ежегодным двойным окладом по чину. 8 февраля 1851 года вышел в отставку.
Умер Григорий Степанович Исаков 29 апреля 1854 года.