1 мая 1792 года был произведён в мичманы. На корабле "Соловки" участвовал в переходе из Кронштадта в Архангельск, где продолжил службу до 1794 года в Архангельском порту, а затем вернулся в Кронштадт на корабле "Рафаил". В 1795-1797 годах служил на корабле "Европа", находился в плавании у берегов Англии, и участвовал в крейсерстве в Немецком море. 24 января 1797 года был произведён в лейтенанты флота. В 1798 году был командирован в Казань для доставки туда провианта из Петербурга. В 1800-1804 годах продолжил службу на кораблях Балтийского флота. В 1804 году командовал транспортом "Шарлотта".
В 1805 году на транспорте "Кильдюин", переоборудованном во фрегат, под командованием капитан-лейтенанта Георгиевского кавалера Е.Ф. Развозова, сделал переход вместе с эскадрой адмирала
[Для просмотра данной ссылки нужно зарегистрироваться] из Кронштадта в Средиземное море на Корфу. В 1806 году Бутаков был назначен командиром брига "Летун". 9 февраля 1806 года "Летун" отличился в сражении с французским корсарским судном, отбив у пирата ранее захваченное им русское судно. Затем экипаж "Летуна" под командованием Бутакова участвовал в боях при острове Корфу, при взятии Рагузы, в сражениях при защите острова Брацо и при взятии у французов крепости Курцало, а также при сражении у крепости Алмисса. В 1807 году на захваченном в плен турецком корабле "Сед-Эль-Бахр" Бутаков перешёл из Корфу в Триест, где до 1809 года продолжил службу. 1 марта 1810 года был произведён в капитан-лейтенанты, а 26 ноября 1810 года за 18 морских компаний награждён
орденом Святого Георгия IV класса.
С 1811 года проходил службу при петербургском и кронштадтском портах. В 1812-1815 годах будучи командиром фрегата "Полукс" крейсировал в Балтийском море. В 1815 году направлен для прохождения службы в Ригу. С 1816 года командовал гальотом №5, в 1817-1818 годах - гемамом "Торнео", на котором занимал брандвахтенный пост на ревельском рейде. 26 июля 1818 года был произведён в капитаны 2 ранга.
С 1819 по 1822 год командовал четырьмя ротами 21-го флотского экипажа в Риге. В 1823 году переведён в Ревель в 18 флотский экипаж. 30 августа 1824 года был произведён в капитаны 1 ранга. В 1827 году был назначен командиром линейного корабля "Царь Константин". В 1828 году в составе эскадры контр-адмирала
[Для просмотра данной ссылки нужно зарегистрироваться], совершил переход в Средиземное море. В 1829 году участвовал в боях у Наварина и острова Крит. 28 января 1829 года в результате боя взял в плен египетский 26-пушечный корвет "Львица" и турецкий 14-пушечный бриг "Кандия", за что был награждён
орденом Святого Владимира 3 степени, а 7 августа - пожалован в контр-адмиралы. Принимал участие в блокаде Дарданелл, вплоть до заключения мира. В 1830 году был награждён
серебряной медалью "За турецкую войну" на георгиевской ленте.
В 1831 году был переведён г. Николаев и проходил службу в составе Черноморского флота. Был назначен командиром всех дунайских портов, а в 1837 году - начальником третьей бригады 5-й флотской дивизии Черноморского флота и служил под командованием адмирала
[Для просмотра данной ссылки нужно зарегистрироваться]. В 1838 году был определён состоять по флоту.
30 августа 1848 года И.Н. Бутаков вышел в отставку с производством в чин вице-адмирала, правом ношения мундира и пенсионом в размере полного оклада жалованья.
Умер в 1865 году. Похоронен в г. Николаеве на городском некрополе.
Семья
Иван Николаевич Бутаков женился в 1815 году на дочери полковника артиллерии Каролине Карловне Кристиансон (1792-1876, урождённая Беата Каролина вон Кристиансон). В их семье было десять детей - пять сыновей и пять дочерей. Все сыновья стали морскими офицерами. Четыре сына дослужились до адмиральского чина:
[Для просмотра данной ссылки нужно зарегистрироваться] (1816-1869) достиг чина контр-адмирала, кругосветный путешественник, учёный и один из первых исследователей Аральского моря; Иван (1822-1882) — стал вице-адмиралом, кругосветный путешественник, его именем названы мыс и остров в Японском море;
[Для просмотра данной ссылки нужно зарегистрироваться] (1820-1882) — дослужился до полного адмирала, флотоводец, генерал-адъютант, основоположник тактики парового броненосного флота, исследователь Чёрного моря; Владимир (1830-1894) — участник обороны Севастополя, контр-адмирал. Пятый сын Дмитрий (1827-1855) погиб при защите Севастополя в чине лейтенанта. Две из пяти дочерей Ивана Николаевича были замужем за морскими офицерами.