С конца 1791 года по 1794 год на борту фрегата
Recherche участвовал в экспедиции адмирала
[Для просмотра данной ссылки нужно зарегистрироваться], направленной в Тихий океан на поиски пропавшего без вести капитана Лаперуза. В 1793 году – капитан 2-го ранга, 22 октября 1794 года под командой капитана
Жан-Мари Рено сражался в устье Чёрной реки у острова Иль-де-Франс, был ранен и возвратился во Францию.
14 марта 1795 года – капитан 1-го ранга, командир корвета
Bergere, затем возглавил 28-пушечный фрегат
Regeneree в составе эскадры адмирала
Пьер-Сезар-Шарля де Серсе, отличился в сражении против британских линейных кораблей
Arrogant и
Victorious в
[Для просмотра данной ссылки нужно зарегистрироваться], а также при захвате каперского брига
Mary. 24 сентября 1798 года отозван в Париж, где получил задание редактировать журнал экспедиции Лаперуза и журнал боевых действий эскадры адмирала Серсе, 5 января 1799 года – командир морского эскадрона, участвовал в боевых операциях против англичан, 21 января 1801 года – командир 74-пушечного линейного корабля
Duguay Trouin, участвовал в транспортировке французских войск на Санто-Доминго, где возглавил фрегат
Poursuivante в составе эскадры адмирала
Луи Тома Вилларе-Жуайёза, в январе 1804 года прославился в сражении с британским 74-пушечным линейным кораблём
Hercule, которому нанёс серьёзные повреждения и обратил в бегство умелыми маневрами. После этого отправился для ремонта в Балтимор и по пути захватил два британских капера
Junon и
Cotton Planter. 17 июля 1804 года – командир линейного корабля
Algesiras, 1 марта 1805 года – контр-адмирал, командующий
эскадрой Океана с флагом на борту 80-пушечного линейного корабля
Alexandre. Осенью 1805 года после отмены вторжения в Англии получил под команду эскадру из шести линейных кораблей (80-пушечный
Le Foudroyant и пять 74-пушечных) и двух фрегатов, предназначенную для нападения на британские торговые пути.
13 декабря 1805 года отплыл из Бреста к Мысу Доброй Надежды, где крейсировал два месяца, затем отправился на
[Для просмотра данной ссылки нужно зарегистрироваться]. За 14 месяцев плавания эскадра адмирала Виллемеза захватила 23 торговых судна, два корсара и английский авизо, но сама потеряла два линейных корабля и два фрегата.
В декабре 1807 года возвратился в Рошфор, в начале 1809 года командовал частью
эскадры Бреста, которая должна была соединиться с эскадрами Лориента и Рошфора у острова Экс для совместной транспортировки подкреплений в
[Для просмотра данной ссылки нужно зарегистрироваться]. Вместе с тем, две последние эскадры были заблокированы англичанами и не смогли выйти в море, а Виллемез потерял корабль
Jean Bart, севший на мель у острова Экс и возвратился в Рошфор, где был освобождён от должности приказом морского министра. Оставался в опале до падения Империи, 18 августа 1819 года вышел в отставку с чином вице-адмирала, в 1837 году – пэр Франции.
Умер Жан-Батист Филибер Виллемез 17 мая 1841 года в Сюрене в возрасте 79 лет.
Награды и звания:- Шевалье Святого Людовика (1793 год),
- Коммандор Почётного Легиона (18 августа 1814 года),
- Высший Крест Почётного Легиона (1837 год).
Имя адмирала выбито на Триумфальной арке площади Звезды. Военный министр
Денис Декре характеризовал Виллемеза, как моряка
"эффективность которого гарантируют большой опыт морского офицера и усердие военного".